Влияние, которое имел при дворе А. Н. Куропаткин, было меньше, чем у Ванновского, и при нем обособились Московский и Киевский военные округа, возглавляемые великим князем Сергеем Александровичем и генералом от инфантерии М. И. Драгомировым

Апатичный, ленивый В. В. Сахаров и не пытался что-либо сделать, дабы предотвратить развал армии. При нем прибавился еще один «автономный» округ – Кавказский

Командующие вышеуказанных военных округов чувствовали себя в положении удельных князей и не только относились критически к указаниям военного министра, но даже иногда отменяли на своей территории высочайше утвержденные уставы. Так, М. И. Драгомиров в своем округе запрещал пехотным цепям ложиться при наступлении, невзирая на имеющиеся в уставе указания

Помимо всего прочего в самом Военном министерстве некоторые главки, возглавляемые лицами императорской фамилии, действовали в значительной степени независимо.

На деятельности военного министра отрицательно сказывалась плохая организация труда и рабочего времени, свойственная в описываемый период всему военному ведомству России. Министр был завален работой, часто мелочной. Ему приходилось лично выслушивать слишком много отдельных докладчиков, из-за чего страдали главные задачи – направление и координация всей работы военного ведомства

Теперь перейдем к структуре аппарата Военного министерства. Основной частью министерства являлся Главный штаб, образованный в 1865 г. путем слияния Главного управления Генерального штаба и инспекторского департамента. Накануне Русско-японской войны Главный штаб состоял из пяти управлений: 1-го генерал-квартирмейстера, 2-го генерал-квартирмейстера, дежурного генерала, военных сообщений и военно-топографического. В состав Главного штаба входили также комитет Главного штаба, мобилизационный комитет, хозяйственный комитет, особое совещание по передвижению войск и грузов и военная типография. При Главном штабе находились редакции газеты «Русский инвалид», журнала «Военный сборник» и Николаевская академия Генерального штаба