По телевидению была показана съемка «обмена», сделанная ФСБ, на которой Бабицкий отнюдь не похож на человека, действующего добровольно. Напротив, видно и слышно, что съемка производится вопреки его протестам, а сам он передается (людям в масках) под конвоем автоматчиков. Бумага, на которой зафиксировано согласие Бабицкого на передачу его боевикам, была датирована 31 января – т. е. до постановления о его освобождении под подписку о невыезде.

Президент сепаратистов Аслан Масхадов сообщает на «Свободу», что «полевого командира» с узбекской фамилией Усаходжаев у него нет, а о судьбе Бабицкого после ареста ему ничего не известно. Все российские спецслужбы и силовые ведомства отрекаются от своей причастности к обмену – включая Министерство обороны, хотя в то же время министр обороны Игорь Сергеев заявляет по ОРТ, что ему «и десять Бабицких не жалко» отдать за одного из своих солдат.

В средствах массовой информации, не подконтрольных государству, в частности, в газете «Сегодня» из медиа-холдинга Владимира Гусинского, появляются предположения, что обмена вообще не было: просто «кто-то проводит операцию по упрятыванию концов в воду, причем проводит бездарно» .

Наиболее подробно и без снисхождения к лживости властей «дело Бабицкого» комментировалось на телеканале НТВ, в «Общей газете» (был издан спецвыпуск), в «Новой газете», «Новых Известиях», «Московских новостях».

Высказывались опасения, что Бабицкий уже убит спецслужбами, потому что владел какой-то «чудовищной» информацией (например, о взрывах домов в Москве), могущей стоить Путину поражения на выборах. Вероятность того, что Бабицкого уже нет в живых – или вскоре не будет, – была отнюдь не нулевой. Во время первой Чеченской войны неизвестными была похищена, жестоко избита и расстреляна журналистка Надежда Чайкова (не скрывавшая своих симпатий к чеченским сепаратистам).