Казалось, что католическо-польской оккупации пришел конец, однако смерть Богдана Хмельницкого и последовавший после этого период кровавых междуусобиц под названием Руины, когда все воевали против всех, отодвинул его. Однако ни одно из антимосковских восстаний не имело самостийнической ориентации. Раздоры шли от казачьей верхушки, знати и духовенства, которые уже были ополячены и вынуждены были пойти на союз с Москвой именно потому, что не могли выступить против восставшего народа. Именно поэтому после смерти Богдана Хмельницкого многие из гетманов, духовенства и других властных лиц изменяют русскому царю и склоняют голову перед польским королем.

Те же причины во многом определяли и поведение Мазепы. Кумир украинских «самостийников», за самостийнисть и не боролся, а искал такого сюзерена, при котором и далее можно было бы ему воровать и грабить малороссов. Самостийником, как и прочие казацкие сепаратисты, он уже стал задним числом.

Одновременно смута началась и в России (чему в немалой степени способствовал митрополит Паисий Лигарид). Российская смута дестабилизировала Россию и расколола Русскую Православную Церковь. Митрополит Макарий в своей «Истории Русской Церкви» прямо утверждает, что если бы Никон остался Патриархом, то раскола бы не произошло.

Никон был сторонником сосуществования «старого» и «нового» обрядов, и он фактически достиг примирения с будущими вождями старообрядцев (в первую очередь с Нероновым).

Но проведенный под «режиссурой» Паисия Лигарида Собор 1666 года низверг Патриарха Никона и проклял старые обряды. Лигарид старался максимально рассорить примирившиеся было стороны, а Патриарха рассорить с Царем.

Показательно, что сразу после свержения Никона (1666 г.) в 1667 году с Польшей заключается Андрусовский мир, фактически спасший это государство и на целые сто лет отодвинувший воссоединение Белоруссии, Холмщины и Подолии. Согласно этому договору Речь Посполитая и Российское царство разделили между собой малорусские земли.