Л. Безыменский».
В августе 1989 года в работе комиссии наступил кризис. Радикальная группа, лидером которой стал Ю. Н. Афанасьев, требовала, чтобы к 23 августа был опубликован хотя бы промежуточный результат. Однако председатель комиссии А. Н. Яковлев не получил согласия на это от М. С. Горбачева. Открытыми противниками А. Н. Яковлева были Е. К. Лигачев, В. А. Крючков, М. С. Соломенцев. Как свидетельствовал А. Н. Яковлев, практически он не получил поддержки у членов ПБ, за исключением Э. А. Шеварднадзе. Только угроза отставки А. Н. Яковлева с поста председателя комиссии заставила М. С. Горбачева согласиться на выступление А. Н. Яковлева на съезде.
После этого группа членов комиссии передала предварительный текст проекта выступления А. Н. Яковлева прессе (в нем признавались протоколы) и выступила на пресс-конференции с обвинениями в адрес своего председателя. Возникла реальная угроза развала комиссии. Но победила тактика А. Н. Яковлева, который стал выше личных обид и не дал комиссии распасться. Появилось такое решение: А. Н. Яковлев будет выступать с «личным докладом», следовательно, согласовывать в комиссии (а также вне ее, т. е. в Политбюро) доклад не надо, подготовить надо лишь проект резолюции, предлагаемой съезду, и краткую объяснительную запись. Эти документы были готовы 4 ноября; доклад был сделан 23 декабря на II Съезде народных депутатов СССР.
А. Н. Яковлев «как в воду смотрел», когда на заседаниях комиссии предупреждал, что радикальным идеям Ю. Н. Афанасьева и его прибалтийских коллег отнюдь не обеспечена поддержка на съезде. Даже взвешенный и объективный доклад председателя комиссии привел народных депутатов сначала в смущение, затем в возмущение, — но не против Сталина, а против докладчика! 23 декабря 1989 г. консервативное большинство съезда было настроено весьма агрессивно. Оно отклонило предложение осудить пакт 1939 г. и аннулировать протоколы. Все соображения комиссии о протоколах были отвергнуты, в том числе отвергнуты и доказательства их существования. Лишь на следующий день А. Н. Яковлев смог переубедить делегатов, предъявив им обнаруженный комиссией документ.