Через год молодая чета переехала в Дрезден, где С. Ганеман занимался врачеванием в городских больницах. С 1789 г. начинается лейпцигский период жизни С. Ганемана. К этому времени он уже пользовался репутацией ученого и опытного практического врача. Литературная деятельность С. Ганемана не ограничивалась переводами. Он стал автором следующих работ: «Об отравлении мышьяком», «Наставление основательно излечивать старые преждевременные и гнилые язвы», «Руководство для врачей к венерическим болезням»; изобрел способ изготовления растворимой ртути, описал химические свойства желчи и желчных камней и др.

Медицинская практика не принесла С. Ганеману удовлетворения. В то время применялись лечебные приемы, истощающие больных: большие дозы потогонных, рвотных, мочегонных и слабительных средств, производились частые и обильные кровопускания. Все это приводило в уныние, порождало ощущение беспомощности и бесперспективности медицины. С. Ганеман постепенно отходит от медицинской практики, погружается в литературную работу, включая и переводы.

Важное событие произошло в 1790 г. Работая над переводом труда по лекарствоведению известного в то время шотландского фармаколога Куллена, С. Ганеман обратил внимание на сообщение автора о возбуждающем действии хинной корки на деятельность желудка и решил проверить это на себе. Совершенно неожиданно, принимая внутрь хину, он отметил возникновение у себя многих симптомов малярии (скованность суставов, озноб, дрожь, вялость, сонливость, притупление чувств и др.). Повторение опыта дало тот же результат. Возникло озарение: хинная корка, излечивающая малярию, сама вызывает признаки данного заболевания. Это был звездный час в жизни исследователя! Не без основания 1790 г. считают годом рождения гомеопатии.

В жизни С. Ганемана начинается период интенсивного творческого труда. Он полностью отошел от практики, погрузился в изучение литературы с целью обнаружить мысли о гомеопатии у предшественников, проводил многочисленные опыты с другими веществами на себе, членах своей семьи, друзьях и знакомых.