Члены этой комиссии изъяли из архивов большую часть документов, обличающих Хрущева, и одновременно подобрали компромат на его политических оппонентов. 

Уничтожив Берию и его подручных, Хрущев (а тогда и вместе с ним Маленков) убрал вместе с ними всех серьезных свидетелей своей причастности к беззакониям 30—50-х годов. С этой целью были расстреляны не только руководители МГБ, но и их ближайшие помощники и доверенные лица. В марте 1954 года вместо Министерства госбезопасности СССР создается Комитет госбезопасности при Совете Министров СССР. Его руководителем становится ставленник Хрущева И. А. Серов, сделавший все, чтобы устранить людей, опасных для его покровителя, прежде всего свидетелей того, что так называемое «ленинградское дело» было инициировано троицей Берия—Маленков—Хрущев. Хотя бывший руководитель МГБ Абакумов был арестован еще при Сталине, его не отпускают. Несмотря на то что он ни в чем не признался и обвинения против него были грубо фальсифицированы, в декабре 1954 года состоялось открытое судебное заседание Военной коллегии Верховного суда СССР. Процесс шел с грубейшими нарушениями закона и ничем не отличался от подобных мероприятий 30-х годов. Генеральный прокурор СССР Р.А. Руденко, подобно своему предшественнику Вышинскому, зная, что следствие велось с применением пыток и что обвинение основывалось на выбитых из них вымышленных признаниях, тем не менее всеми силами стремился, чтобы они были подтверждены и на суде. Руденко оказывал давление на обвиняемых, отметая все, что свидетельствовало бы в их пользу. Все нити, которые связывали «ленинградское дело» с Маленковым и Хрущевым, сознательно обрывались. В общем, все было предопределено заранее, а лица, которые могли бы рассказать правду о «ленинградском деле», приговорены к смерти и через час после оглашения приговора по распоряжению Хрущева срочно расстреляны. Сам Абакумов не знал, что с ним расправятся немедленно. Буквально за минуту до расстрела он пригрозил: «Я все, все напишу в Политбюро...» — и тут же получил пулю в затылок