В недрах партийного аппарата разрабатываются инструкции, запрещающие принимать в монастыри лиц моложе 30-летнего возраста; в семинариях и академиях не разрешалось обучение лиц со средним специальным или высшим светским образованием; отменялось право Патриархии осуществлять финансовую поддержку монастырям, приходам, духовным учебным заведениям. Был разработан целый ряд мероприятий, подрывающих хозяйственную стабильность Русской церкви.

Усиливалось гонение на духовенство и верующих. Тысячи людей попадают в лагеря за свои религиозные убеждения (только за 1961—1964 годы за это осуждено 1234 человека). Хрущев лично обещает народу показать по телевизору «последнего попа». Во время одного из приемов этот малограмотный Первый секретарь подошел к русскому Патриарху и полупьяным голосом изрыгнул: «Ты, поп, долго будешь морочить голову народу?»

Количество церковных приходов за 1954—1963 годы было принудительно сокращено с двадцати до восьми тысяч, закрыты 31 монастырь и 5 семинарий.

Церкви закрывались под разными надуманными предлогами: то потому, что церковь была открыта в войну на оккупированной территории по разрешению немецких властей, то из-за того, что вблизи храма расположена школа, или под предлогом, что церковь мешает движению транспорта. Снова, как в 20-х годах, воинствующие безбожники устраивают костры из икон и церковных (в том числе старопечатных) книг. В некоторых местах возобновляется добыча золота путем опускания икон в чаны с кислотой.

В Кировской епархии из 75 православных приходов, существовавших в 1959 году, к 1964 году осталось всего 35; 7 деревянных церквей разобрали, одна каменная, в епархиальном городе, взорвана; в остальных 32 — богослужебные книги и иконы сожжены, сами храмы разорены дотла. В Московской епархии с 1959-го по 1963 год закрыли более половины церквей.