Однако в 1996 году он был убит в Баку. Азербайджанский правозащитник Эльдар Зейналов позднее так комментировал его убийство в газете «Эхо» (19 июня 2004 г.): «Он [Али Анцухский] открыто опасался кары со стороны властей и подстраховался от ареста, став депутатом парламента. Долго не решался приехать в Баку и был убит в первый же приезд после парламентских выборов. Аварец И. Мамедов, осужденный как его убийца, тоже умер в тюрьме. Власти упорно отрицали этническую и вообще политическую подоплеку этого убийства, которое списали на внутриаварскую „разборку“, чуть ли не семейную вендетту... Так и не была расследована бытовавшая в прессе перед убийством Анцухского версия о существовании белоканского „золотого треугольника“ – канала для торговли наркотиками и оружием на стыке границ трех государств [Азербайджана, Грузии и России], из-за обладания которым, как говорят, и был убит депутат».

О том, что происходило на северо-западе Азербайджана сразу после убийства Али Анцухского, в августе 2005 года вспоминал дагестанский еженедельник «Черновик»: «Со смертью депутата Милли меджлиса началась охота на всех руководителей так называемого аварского клана – в числе убитых оказалась и широко известная „аварская тройка“, в которую входил известный бизнесмен Мухаммад Джандаров. Затем установилось временное затишье. Но власть в регионе перешла в руки конкурирующего с Анцухским клана, который возглавлял некий азербайджанец Ханлар. Именно после серии убийств этот тюркский клан-конкурент взял под свой контроль многие сферы бизнеса и в числе прочих развернул широкую торговлю наркотиками. Бытует версия, что при разгроме „аварской тройки“ власть использовала услуги конкурентов Анцухского, которые и сейчас сохраняют контроль над регионом».

После «временного затишья», о котором пишет дагестанская газета, тема аварцев Закатальского и Белоканского районов вновь «возникла» в 2001 году. По данным дагестанских источников, за полгода до этих событий, в 2000 году, администрация Закатальского района приняла решение о сносе памятника имаму Шамилю, установленного в 1992 году, однако это решение вызвало протест аварского населения.