Отдельная проблема – делимитация азербайджанско-российской границы. Трудности связаны с будущей принадлежностью небольшого, но чрезвычайно важного участка границы на реке Самур, где есть водозаборники, которые могут отойти как одной, так и другой стороне. Россия выступает за сохранение прежнего режима пользования рекой (50:50), а Азербайджан хочет добиться для удовлетворения своих нужд обладания 75 % водных ресурсов. Отметим, что от реки берет начало Самур-Апшеронский ирригационный канал, обеспечивающий водой население городов Баку и Сумгаит. В первой декаде декабря 2005 года в Баку проходило 10-е заседание Государственной комиссии по делимитации границы между Россией и Азербайджаном. По данным дипломатов обеих стран, к окончательному решению проблемы участники заседания не пришли.

В последние 5–7 лет проблемы азербайджанско-российской границы гораздо меньше обсуждаются на высоком уровне, чем в первой половине 1990-х годов, когда они регулярно становились предметом дискуссий и разнообразных (в большинстве случаев невыполненных) решений правительств РФ и Дагестана. Зато о них регулярно напоминает дагестанская оппозиция. Так, 12 марта 2005 года Конгресс народов Дагестана – общественная организация, объединяющая политиков с разным уровнем влияния, но с одинаково высокой степенью неприятия официальной Махачкалы, – принял заявление, в котором говорилось (цит. по «Дагестанцы», март, 2005 г.):

«Конгресс народов Дагестана с тревогой смотрит на исключительно трудное положение, в котором оказались лезгинский и другие разделенные народы Дагестана по вине руководителей России, Дагестана и Азербайджана. Вопреки всем документам, подписанным руководителями РФ и Дагестана с руководством Азербайджана, громким обещаниям руководства Дагестана о том, что между Дагестаном и Азербайджаном никогда не будет государственной границы, разделяющей лезгинский народ, не только установлена государственная граница внутри народа, но с 5 марта 2005 года введен визовый режим на границе.