СКМ РФ появился в крупнейшем городе азиатской России, как и во многих других метах необъятной страны в 1999 году. Он создавался, в отличие от РКСМ (возникшего в 1992 году), сверху вниз, а не снизу вверх. На первом этапе жизни организации, и не только Новосибирской региональной, это имело особо симптоматичное значение.

С первых дней существования Новосибирской организации СКМ РФ ее вплоть до осени 2001 года, ее возглавлял сын одного из секретарей районных партийных организаций Усаков А.Ю. Работа организации в этот период характеризовалась стремлением расширить свое влияние на обширные районы области и плотнее участвовать в предвыборных копаниях партии. Это, пожалуй, и все то, что можно отнести к положительным элементам в деятельности сибирского комсомола. В целом же организация представляла собой немногочисленный в Новосибирске и неопределенный в районах области коллектив далекий от марксистских идей, чуждый организованной пропагандистской работы в массах. Коллектив, если его можно назвать таковым, лишенный коммунистической этики и насквозь пропитанный конформизмом, беспробудным пьянством (особенно в так называемых летних молодежных лагерях) и отсутствием всякой идеологической работы (за исключением контактов с несколькими рок группами явно далекими не только от коммунистических идей, но и от контркультурного направления в искусстве). Впрочем, не все было столь катастрофично. По началу, в первый год своего существования, вплоть до весны 2000 года, организация демонстрировала некоторые признаки жизни и возможного развития, но затем, после отхода от нее нескольких входивших в нее коммунистов этот процесс постепенно сошел на нет.