С присоединением в 1940 году Эстонии к Советскому Союзу на островах развернулись обширные инженерные работы по сооружению береговых батарей, аэродромов и пунктов базирования кораблей. К началу войны на Эзеле имелись две 180-мм, три 130-мм и одна 100-мм батареи, а к 10 сентября 1941 года было закончено сооружение еще одной 130-мм батареи. На Даго были установлены одна 180-мм, одна 152-мм, три 130-мм и одна 100-мм береговые батареи. Еще одна 130-мм батарея была смонтирована на острове Абрука у южного побережья Эзеля, а две (180-мм и 130-мм) — на острове Осмуссаар в устье Финского залива. В связи с угрозой выхода противника с восточного направления на острове Муху (Моон) на временных основаниях была смонтирована 100-мм батарея.

Следует отметить, что только 180-мм батареи (кроме осмусаарской) строились в башенном исполнении. Остальные были открытыми, т. е. личный состав и материальная часть защищались лишь кольцевыми орудийными двориками.

Если строительство береговых батарей, шедшее по линии Наркомата Военно-морского флота, шло более или менее интенсивно, то противодесантная оборона начала создаваться с весны 1941 года, когда на острова прибыли 3-я стрелковая бригада и два батальона 16-й стрелковой дивизии Прибалтийского военного округа. Мы не скажем ничего особо нового, если подчеркнем, что для строительства обороны на столь протяженной береговой линии очень важно правильно определить места предполагаемой высадки противника. Весной 1941 года никто не предполагал быстрого и столь трагического для нас развития событий в Прибалтике. Естественно, противодесантная оборона создавалась для отражения высадки с западного направления, как это и было в Первую мировую войну. К сожалению, отражать нападение пришлось не с той стороны, откуда ждали.

Кроме того, на состояние противодесантной обороны не могла не повлиять двойственность подчинения: Эзель находился в зоне ответственности Прибалтийского, а Даго — Ленинградского военного округа. Да и сама береговая оборона до 29 июня 1941 года относилась к двум разным инстанциям: к Береговой обороне Рижского залива, которой командовал генерал А. Б. Елисеев и к береговой обороне Главной базы КБФ — Таллина. Только после падения Риги их объединили в Береговую оборону Балтийского района (БОБР).