Одной из первых жертв нового порядка явился старый князь Иван Мстиславский. Это был представитель древнего рода, прославившийся на службе государству, где ему всегда принадлежало наиболее почетное место; он пользовался всеобщим уважением, в котором не отказывал ему даже Иван IV. Опала князя Мстиславского была только первым предостережением. Гораздо серьезнее оказалось громкое дело Шуйских.

Борьба Годунова с Шуйскими происходила на очень скользкой почве. Дело в том, что, независимо от своих личных качеств, Борис был в значительной мере обязан своим возвышением сестре Ирине, супруге царя Федора. Была ли она влиятельна во дворце или нет — не так важно; достаточно того, что сердце государя принадлежало ей; и, конечно, Годунов умел извлечь свою выгоду из этой привязанности. Только одно омрачало тихое счастье царственной четы: у Ирины не было детей. Однако надежда на потомство не оставляла супругов. Они ждали его терпеливо; королева Елизавета прислала им из Лондона врача и бабку… Но враги Бориса не дремали. Они замыслили развести царя с женой и сочетать Федора новым браком; согласно обычаю Ирина должна была уйти в монастырь. Для осуществления задуманного плана они рассчитывали привлечь на свою сторону народ; затем, вместе с ним, они намеревались ударить царю челом и просить его пожертвовать во имя государства своим семейным счастьем. Разве дед его, Василий, не развелся с первой женой? Разве не вступил он в новый брак? Почему же Федору не последовать его примеру? Ведь все будущее Русской державы висит на волоске. Нетрудно угадать, каковы были истинные расчеты этих людей. Конечно, удаление Ирины повлекло за собой падение Бориса; таким образом, одним и тем же ударом достигались сразу две цели: династия была бы спасена от гибели, а ненавистный временщик был бы устранен с дороги.