Кудрявцев рекомендовал меня: не потому однако, что считал меня великим метафизиком, а потому, что я тогда, будучи на 4-м курсе, писал магистерское сочинение на философско-богословскую тему. Итак, я, еще находясь на школьной скамье, был зачислен кандидатом на кафедру метафизики в Киеве. Но этой кафедры я, к счастью, не занял. Когда я окончил курс в 1870 г., Совет нашей Академии, — учреждение, тогда только что народившееся, пожелал удержать меня при родной мне школе. А для того, чтобы уладить дело наиуспешным образом. Совет предложил мне на выбор любую из пяти вышепоименованных кафедр. Мною выбран теперешний мой предмет. Я со времени детства любил историю, хотя мало понимал сущность этой в действительности очень мудреной науки». «Не скрою, что тогдашний ректор блаженной памяти А. В. Горский был против моего выбора церковной истории, — по различным основаниям. Во-первых, мои успехи в церковной истории были отмечены лишь баллом «4» (какова ирония судьбы!); во-вторых, по каким-то случайным причинам, я не писал ни одного семестрового сочинения ни по одной из церковно-исторических наук, — а главное, мое магистерское сочинение не имело никакого отношения к церковной истории. О. ректор А. В. Горский настойчиво предлагал взять мне кафедру «Введение в круг богословских наук» — но я уперся и стоял на своем».

Тогда же он начал свою научную деятельность публикациями статей в духовных журналах. В МДА сразу оценили молодого ученого. На это указывает тот факт, что через 4 года после окончания Академии, в 1874 году, А. П. Лебедев стал экстраординарным профессором МДА, победив в конкурсе путем баллотировки доцента МДА В. О. Ключевского, хотя последний окончил курс на 5 лет раньше и был представлен на конкурс ректором Академии А. В. Горским, а Алексея Петровича представлял профессор В. Д. Кудрявцев.

В 1879 г. А. П. Лебедев защитил докторскую диссертацию по теме «Вселенские соборы IV и V веков. Обзор их догматической деятельности в связи с направлением школ Александрийской и Антиохийской».