Отправляя Б.П. Ванновского к новому месту службы, А.Н. Куропаткин (недавно сменивший на посту военного министра его отца) поставил на представлении начальника Главного штаба резолюцию: «Считаю подполковника Ванновского подходящим для исполнения обязанностей военного агента. Верю в его энергию и добросовестность». Затем выяснилось, что Янжул на Дальний Восток не вернется, и 30 ноября 1898 года на докладе военного министра о назначении нового атташе в Японию Николай II собственноручно начертал: «Согласен», таким образом Ванновский окончательно обрел официальный статус, избавившись от неприятной приставки «и.о.».

Правда, вскоре радость иссякла, и он понял, почемуего предшественник так рвался обратно в Россию. Несмотря на высокое жалованье – около 12 тысяч рублей в год, престижную должность и прочие блага, военный агент в Японии чувствовал себя очень неуютно. Образно выражаясь, Ванновский был подобен слепому, которого заставляют описывать то, что находится вокруг него. За каждым его шагом велась неустанная слежка, переводчики, к услугам которых он прибегал, общаясь с окружающими, являлись сотрудниками японских спецслужб. Тайная агентура напрочь отсутствовала, а японские сановники и чины военного ведомства не имели ни малейшего желания сотрудничать с русской разведкой. В результате военный атташе в Японии видел лишь то, что ему хотели показать, и слышал лишь то, что нашептывали местные спецслужбы, изрядно преуспевшие в искусстве дезинформации. Ко всему прочему Б.П. Ванновский, невзирая на энергию и добросовестность, упоминаемые Куропаткиным в резолюции, как большинство строевых офицеров, был абсолютно некомпетентен в вопросах тайной войны.

Дабы Россия не успела к началу войны стянуть на Дальний Восток необходимое количество войск и боеприпасов, японцы стремились всячески занизить данные о численности своей армии.

В марте 1901 года в записке по Главному штабу сотрудник генерал-квартирмейстерской части полковник Воронин, основываясь на донесениях Б.П. Ванновского, определял максимальную численность японской армии в военное время в 372 205 человек, включая запасные и территориальные войска. Предполагалось, что из этого числа Япония сможет высадить на материк не более 145 тысяч