8 января 1848 г. путешественники прибыли в Хартум, где были гостеприимно приняты генерал-губернатором Сулейманом-пашой. Здесь решили основать, так сказать, главную квартиру экспедиции; сюда свозилась добыча охоты, здесь устроили зверинец для прирученных животных, отсюда Брэм отправлялся на охоту в окрестные леса, особенно по Голубому Нилу. Добыча была богатая, но досталась нашему натуралисту недешево: он заболел местной лихорадкой. Между тем барону Мюллеру почему-то показалось, что Брэм мало добывает шкур для его коллекций. Это оскорбило молодого ученого. «Меня глубоко возмутила, – пишет он, – неблагодарность человека, который сам не испытал всей трудности пребывания в африканских лесах, особенно при лихорадке. Тогда я понял, что труды натуралиста редко признаются посторонними лицами. Только сильная любовь к науке и глубокое понимание наслаждений, какие доставляет она, удержали меня от разрыва с бароном».

В феврале наши путешественники начали сухопутное путешествие по Кордофану, в бассейне Белого Нила, и пробыли здесь четыре месяца, собирая коллекции местной фауны. Особенно много попадалось им орлов, соколов и грифов. Здесь же они познакомились и с царственными львами, а также с леопардами и гиенами. Для охотника-натуралиста эта страна представляла тогда настоящий рай, но жаркий, убийственный климат заставил наших путешественников возвратиться больными в Хартум, а отсюда, спустя некоторое время, они отправились со всеми коллекциями и зверинцем в Каир. 29 января 1849 года барон Мюллер сел в Александрии на пароход, чтобы ехать в Европу, Брэм же остался в Египте, чтобы предпринять на его средства второе путешествие по Африке; все собранные им коллекции поступали в пользу Мюллера. В стране фараонов Брэм оставался до мая 1850 г., изучая быт страны и нравы ее обитателей. При этом, для лучшего ознакомления с бытом жителей, он не только научился говорить по-арабски, но и стал носить местную одежду и даже участвовал в магометанских процессиях, так что арабы считали его совсем своим; думая, что он стал правоверным, они уверяли, что его настоящее имя – И-бре-ем (Ибрагим), и никак не хотели признавать имени Альфред, похожего на арабское слово афреид (дьявол). По совету своих арабских друзей молодой ученый принял прозвище Халил-Эффенди, что значительно облегчило ему сношения с арабами.