Трудности, с которыми сталкивается комментатор Брема уже упомянуты нами в общем предисловии. Все это относится и к тому «Птицы». Сюда следует отнести и неизбежную путаницу в систематике, которая со времен Брема и по сию пору не раз уточнялась и пересматривалась, и прагматизм Брема, идущий от механицизма, свойственного науке Х1Х века, и антропоморфизм, когда тому или иному виду приписываются чисто человеческие особенности характера. Тем не менее, в комментариях к этому тому следует учитывать и некоторые, специфические особенности и частности.

Некоторые палеонтологические данные, касающиеся эволюционного прошлого птиц, были известны уже во времена Брема (в частности, уже были описаны ископаемые останки археоптерикса), однако палеонтология как наука получила свое развитие только в ХХ веке. В связи с этим многие версии о возникновении этой систематической группы подверглись пересмотру. В частности, происхождение этой группы, вероятно, намного древнее, чем это полагали зоологи во времена Брема – что подтверждается некоторыми палеонтологическими находками. Археоптерикса же, которого во всех учебниках эволюции приводят как пример переходной формы между разными систематическими группами, следует, по последним данным, считать скорее, тупиковой ветвью эволюции, чем «настоящим» птичьим предком.

Вообще и в происхождении, и в особенностях биологии птиц до сих пор много невыясненных моментов – некоторые ученые даже считают птиц «оперенными динозаврами», сохранившими большинство особенностей строения своих загадочных предков. Следует также помнить, что знаменитые птеродактили и остальные летающие ящеры к нынешним птицам не имеют никакого отношения. Птицы произошли от бегающих рептилий археозавров и сохранили некоторые их черты – такими «живыми ископаемыми» по мнению некоторых ученых, являются в частности, страусы, не утратившие, как это считалось ранее способности к полету, а никогда ими не обладавшие.