Наступила эпоха «перестройки» и последующие события, связанные с кардинальными изменениями в жизни государства и общества. Перемены затронули и историческую науку. Пока многие бывшие оппоненты «перестраивались», порывая с коммунистическим прошлым, И. Я. Фроянов продолжал плодотворно работать в ранее заданном направлении. Отрекаться от прежних взглядов у него не было необходимости. С 1986 года у него выходит целый ряд работ, среди которых наиболее значимые: «Становление и развитие раннеклассовых обществ» (Л., 1986, в соавторстве); «Города-государства Древней Руси» (Л., 1988, в соавторстве); «Киевская Русь. Очерки отечественной историографии» (Л., 1990); «К истории зарождения Русского государства» // Из истории Византии и византиноведения. (Л., 1991); «Мятежный Новгород» (СПб., 1992); «Древняя Русь. Опыт исследования истории социальной и политической борьбы» (СПб., 1995); «Рабство и данничество у восточных славян» (СПб., 1996); «Былинная история» (СПб., 1997, в соавторстве); «Киевская Русь. Главные черты социально-экономического строя» (СПб., 1999, издание текста диссертации 1973 года) и др.

А в это время оппоненты из числа «перестроившихся» прежних ортодоксальных марксистов продолжали атаку на его концепцию, но уже обвиняя автора не в отходе от марксизма, а в приверженности марксистским взглядам, в развитии сталинистских идей и т. п. Главная «вина» И. Я. Фроянова, видимо, заключалась в том, что он не стал огульно охаивать прошлое, вычеркивать из биографии страны важный и отнюдь не самый мрачный период ее истории, период горьких разочарований и великих побед. Не мог он безропотно воспринимать и эпоху безвременья, которым характеризовались последний период правления М. С. Горбачева и президентство Б. Н. Ельцина. Развал великой державы, тотальное обнищание народа, начавшееся вымирание нации, насаждавшиеся принципы бездуховности острой болью отзывались в его сердце.