Герцог не потерял веру в Фиппса и уговорил "Компанию джентльменов — искателей приключений" собрать 800 фунтов стерлингов на новую экспедицию. Король Англии Джеймс II выдал Фиппсу новое разрешение, и он отбыл в Карибское море. На сей раз в распоряжении Фип-пса были две шхуны — "Генри" и "Джеймс и Мэри". Оба судна были нагружены товарами для контрабандной торговли с флибустьерами Ямайки. Матрос Джон Смит стал лоцманом экспедиции.
Прибыв на Багамские острова, Фиппс на индейском каноэ начал поиски среди коралловых рифов. Ныряльщики-индейцы время от времени спускались под воду, ища следы затонувшего корабля. Джон Смит по памяти направлял пироги индейцев то к одной, то к другой гряде рифов. Но проходили дни, недели, месяцы. Прошел целый год, а затонувший галеон найти не удавалось. Дело стало казаться безнадежным, и Фиппс, наконец, решил признать себя побежденным. Он созвал совещание офицеров экспедиции, чтобы сообщить им о намерении прекратить поиски. И тут его взгляд случайно упал на кусок коралла, который незадолго до этого принес в каюту один из ныряльщиков-индейцев. Коралл имел удивительно правильную форму, и в душу Фиппса закралось подозрение... Когда коралл раскололи, внутри оказался небольшой деревянный ящичек. Фипис вскрыл его — на пол посыпались золотые и серебряные монеты. Ныряльщика немедленно послали под воду в том месте, где он добыл свою последнюю находку. На третий раз он вынырнул, держа в руке слиток серебра, покрытый толстым налетом. Индеец сообщил, что видел на дне пушки, обросшие кораллами, и куски дерева.