Опекунские функции, которыми Василий III наделил брата, были аннулированы. Живя в уделе, Андрей постоянно ждал опалы. В свою очередь, Елена подозревала бывшего опекуна во всевозможных кознях. По совету Овчины она решила вызвать Андрея в Москву и захватить его. Удельный князь почуял неладное и отклонил приглашение, сказавшись больным. При этом он постарался убедить правительницу в своей лояльности и отправил на государеву службу почти все свои войска. Этой его оплошностью сразу воспользовались Глинская и ее фаворит. Московские полки скрытно двинулись к Старице. Предупрежденный среди ночи о подходе правительственных войск, Андрей бросился из Старицы в Торжок. Отсюда он мог уйти в Литву, но вместо того повернул к Новгороду. С помощью новгородских дворян бывший глава семибоярщины надеялся одолеть Овчину и покончить с его властью.

«Князь великий мал, — писал Андрей новгородцам. — Держат государство бояре, и яз вас рад жаловати». Хотя некоторые дворяне и поддержали мятеж, Андрей не решился биться с Овчиной и, положившись на его клятву, отправился в Москву, чтобы испросить прощение у невестки. Как только удельный князь явился в Москву, его схватили и «посадили в заточенье на смерть». На узника надели некое подобие железной маски — тяжелую «шляпу железную» и за полгода уморили в тюрьме. По «великой дороге» от Москвы до Новгорода расставили виселицы. На них повесили дворян, вставших на сторону князя Андрея. Князь Михаил Глинский и брат великого князя Андрей были «сильными» людьми семибоярщины. Их Овчина наказал самым жестоким образом. Другие же душеприказчики Василия III — князья Шуйские, Юрьев и Тучков — заседали в думе до смерти Елены Глинской. По-видимому, именно в кругу старых советников Василия III созрели проекты важнейших реформ, осуществленных в те годы.

Бояре начали с изменений в местном управлении. Они возложили обязанность преследовать «лихих людей» на выборных дворян — губных старост, то есть окружных судей (губой называли округ).