Вильгельм Франц Канарис родился 1 января 1887 года в Аплербеке близ Дортмунда – в самом сердце Рура, и был младшим из трех сыновей состоятельного инженера, управляющего металлургическим заводом. Мальчик был невысоким и худощавым, но крепким и живым, он был обычным ребенком, живущим в любящей лютеранской семье.

Дома его звали Вилли, а друзья детства прозвали его Kieker, что можно перевести как «шпик», «подглядывающий» или «соглядатай». В 1917 году он познакомился с Эрикой Вааг, сестрой флотского офицера, и женился на ней 22 ноября 1919 года. Она была единственной женщиной в его жизни, к которой он питал романтические чувства.

Полагают, что он потомок адмирала Константина Канариса – греческого политика и участника национально-освободительной войны XIX века

Молодой Вильгельм поступил в Императорскую военно-морскую академию в Киле 1 апреля 1905 года. Его первое служебное плавание внезапно было прервано в декабре 1914 года, когда крейсер «Дрезден», на котором он служил, участвовал в битве за Фолклендские острова. Преследуемый в чилийских водах, был затоплен – единственное судно злополучной эскадры адмирала графа Шпее, которое не было потоплено огнем английских пушек. Молодой лейтенант Канарис был интернирован на острове Квириквин в виду Вальпараисо, и это стало началом его богатой приключениями жизни.

Он бежал из чилийского лагеря, уплыв на лодке на материк, затем на лошади пересек всю страну, в том числе и Анды, и прибыл в Аргентину. В Буэнос-Айресе он под видом молодого чилийца Рида Розаса взял билет на голландский пароход «Фризия», направлявшийся в Роттердам – в нейтральные Нидерланды, якобы «для получения наследства, оставленного родственниками матери».

На пути он прошел все английские проверки и вскоре оказался в Гамбурге. Затем, по-прежнему используя имя Рид Розас и свой чилийский паспорт, он отправился в Мадрид на свое первое настоящее задание в разведке.