Пуше даже специально издал в 1859 г. книгу, в которой большой раздел был посвящен доказательству того, что его концепция не имеет ничего общего с материализмом и атеизмом и согласуется с ортодоксальными установками религии. То же самое он настойчиво и вполне искренне доказывал в своих выступлениях. Тем не менее Пастер, который придерживался весьма консервативных идеологических и религиозных взглядов, сумел убедить научную элиту в том, что концепция Пуше протаскивает материализм и отвергает божественный акт Творения. В условиях реакции и консерватизма, которыми была отмечена Вторая империя, Академия наук встала на сторону Пастера, и назначенные ею две научные комиссии проявили, мягко говоря, необъективность при анализе экспериментальных результатов обоих оппонентов.

В учебники биологии эти дебаты вошли как пример блестящей победы экспериментального метода Пастера над спекулятивными рассуждениями. Но дело обстояло иначе. Пастер использовал в своих опытах закрытые склянки с прокипяченным дрожжевым экстрактом. После того как он впускал в склянку воздух, в экстракте появлялась микрофлора. Пастер показал, что причина этого - в заражении внесенными с воздухом микроорганизмами. При проведении опыта на леднике в Альпах, с почти стерильным воздухом, жизнь в склянке не появлялась. Пуше применял склянки в прокипяченным экстрактом сена, изолированные от воздуха затвором с ртутью. В склянку впускался полученный химическим путем чистый кислород, заведомо не содержащий микроорганизмов и жизнь в экстракте зарождалась, возникала микрофлора. Чтобы повторить условия Пастера, Пуше поднялся на ледник в Пиренеях, но результаты не изменились, жизнь зарождалась. Воспроизводя эксперименты Пуше, Пастер потерпел неудачу - его старания предотвратить "зарождение жизни" были успешны лишь в одном случае из десяти, но именно эти случаи он считал надежными результатами, а остальные 90% опытов - ошибочными. Он не опубликовал эти результаты, хотя признал их в одной лекции.