В течение XIX в. во Франции дважды велись дебаты о самопроизвольном зарождении жизни. Начиная с 1802 г. в течение 30 лет боролся с этой идеей Жорж Кювье. В конце концов он сумел связать в общественном мнении доктрину своего оппонента (Жоффри) с натурфилософией «вражеской Германии» и с материализмом, который у французской публики ассоциировался с террором и хаосом Французской революции. Это и решило исход спора, Кювье вышел победителем.

Еще более последовательно идеологическая аргументация была использована в 60-х гг. Пастером в его дебатах с Феликсом Пуше, который отстаивал концепцию самопроизвольного зарождения жизни. Пуше даже специально издал в 1859 г. книгу, в которой большой раздел был посвящен доказательству того, что его концепция не имеет ничего общего с материализмом и атеизмом и согласуется с ортодоксальными установками религии. То же самое он настойчиво и вполне искренне доказывал в своих выступлениях. Тем не менее Пастер, который придерживался весьма консервативных идеологических и религиозных взглядов, сумел убедить научную элиту в том, что концепция Пуше протаскивает материализм и отвергает божественный акт Творения. В условиях реакции и консерватизма, которыми была отмечена Вторая империя, Академия наук встала на сторону Пастера, и назначенные ею две научные комиссии проявили, мягко говоря, необъективность при анализе экспериментальных результатов обоих оппонентов.

В учебники биологии эти дебаты вошли как пример блестящей победы экспериментального метода Пастера над спекулятивными рассуждениями. Но дело обстояло иначе. Пастер использовал в своих опытах закрытые склянки с прокипяченным дрожжевым экстрактом. После того как он впускал в склянку воздух, в экстракте появлялась микрофлора. Пастер показал, что причина этого – в заражении внесенными с воздухом микроорганизмами. При проведении опыта на леднике в Альпах, с почти стерильным воздухом, жизнь в склянке не появлялась.