Но уже на следующий год по инициативе В. Молотова, в то время министра иностранных дел СССР, Сталину представляют проект перестройки всей структуры советской разведки — как военной, так и политической. Для этого предполагалось объединить внешнюю разведку МГБ и ГРУ в Комитет информации (КИ), который бы осуществлял руководство всей разведывательной деятельностью за рубежом. Обосновывая свою позицию, В. Молотов ссылался на американцев — в феврале 1947 г. они создали ЦРУ, объединившее и гражданские, и военные разведслужбы. По мнению В. Молотова, в будущем это дало бы США значительные преимущества перед советской разведкой. Для обсуждения предложения Молотова создается специальная комиссия ЦК ВКП (б) во главе с А. А. Кузнецовым. В результате в марте 1947 г. Комитет информации был учрежден, а в сентябре 1947 г. в него вошли добывающие и аналитические управления ГРУ. Впрочем, в структуре военного министерства все же осталась небольшая специальная разведывательная и диверсионная служба, которую с сентября 1947 по январь 1949 г. возглавлял Н. М. Трусов.

Первым руководителем КИ (в/ч 15618) стал В. Молотов, в 1949 г. его сменил А. Вышинский, а затем Я. Малик и В. Зорин. Но поскольку они не являлись профессиональными разведчиками, всю основную работу выполняли первые заместители председателя КИ — П. В. Федоров (1946–1949), С. Р. Савченко (1949–1953) и В. С. Рясной (1953), пришедшие в КИ из органов госбезопасности.

Первыми заместителями председателя по линии военной разведки были контр-адмирал Константин Константинович Родионов и генерал-полковник Федор Федотович Кузнецов.

Заместителями председателя были в разное время генерал-майор П. М. Журавлев, полковник С. М. Федосеев, полковник А. М. Коротков, полковник А. И. Раина, генерал-майор В. М. Зарубин, генерал-лейтенант Л. В. Онянов (военная разведка).