Букстехуде исполнял и свои органные произведения. Себастьян жадно и с профессиональным пониманием вслушивался в звуки трехмануального, с тройной клавиатурой органа, которым с такой артистической властью управлял преображающийся во время неистовой игры старый органист.
Как ни глубоко западали в память Иоганна Себастьяна музыкальные идеи грандиозных композиций Букстехуде, сколь ни восхищался он красочными звуковыми комбинациями, находимыми органистом, но техника владения инструментом поражала его еще более. Особенно игра ногами. Чего только не мог этот искусный органист! Дух замирал, когда при недвижимых руках, опиравшихся на скамью, струились, заполняя своды, бурные, быстрые звуки токкаты или фантазии...
Дошло до нас достоверное сведение о том, что Бах присутствовал на торжественной службе с экстраординарной музыкой в память скончавшегося короля Леопольда I. Характер музыки был духовным, но торжества носили характер концерта, наплыв публики был таков, что, кроме городской стражи, Себастьян насчитал десятка два военных у церкви.
В большом и шумном в сравнении с Арнштадтом городе Бах жил интересами высокой музыки. Он вбирал в себя национальные мотивы, преобразуемые Дитрихом Букстехуде по традиции северонемецкой школы.
Спустя два века немецкий исследователь Ф. Вольфрум в книге, посвященной Баху, так напишет о музыке Букстехуде: "Многие поэтические мотивы этого северного мастера являются отражением природы севера: бурная масса педальных звуков звучит как бушевание разъяренного моря... Потом все успокаивается".