Помирив еще Новгород с Псковитянами, Иоанн уведомил своих Полководцев, что война прекратилась; ласково угостил Феофила и всех Послов; отпустил их с милостию и вслед за ними велел ехать Боярину Феодору Давидовичу, взять присягу с Новогородцев на Вече. Дав слово забыть прошедшее, Великий Князь оставил в покое и самую Марфу Борецкую и не хотел упомянуть об ней в договоре, как бы из презрения к слабой жене. Исполнив свое намерение, наказав мятежников, свергнув тень Казимирову с древнего престола Рюрикова, он с честию, славою и богатою добычей [1 Сентября] возвратился в Москву. Сын, брат, Вельможи, воины и купцы встретили его за 20 верст от столицы, народ за семь, Митрополит с духовенством перед Кремлем на площади. Все приветствовали Государя как победителя, изъявляя радость.

Еще Новгород остался державою народною; но свобода его была уже единственно милостию Иоанна и долженствовала исчезнуть по мановению самодержца. Нет свободы, когда нет силы защитить ее. Все области Новогородские, кроме столицы, являли от пределов восточных до моря зрелище опустошения, произведенного не только ратию Великокняжескою, но и шайками вольницы: граждане и жители сельские в течение двух месяцев ходили туда вооруженными толпами из Московских владений грабить и наживаться. Погибло множество людей. К довершению бедствия, 9000 человек, призванных в Новгород из уездов для защиты оного, возвращаясь осенью в свои домы на 180 судах, утонули в бурном Ильмене. Зимою Священноинок Феофил с духовными и мирскими сановниками приехал в Москву и был поставлен в Архиепископы. Когда сей торжественный обряд совершился, Феофил на амвоне смиренно преклонил выю пред Иоанном и молил его умилосердиться над знатными Новогородскими пленниками, Василием Казимиром и другими, которые еще сидели в Московских темницах: Великий Князь даровал им свободу, и Новгород принял их с дружелюбием, а Владыку своего с благодарностию, легкомысленно надеясь, что время, торговля, мудрость Веча и правила благоразумнейшей политики исцелят глубокие язвы отечества.