Огорчаясь вместе с народом, Великий Князь сверх того имел несчастие оплакать преждевременную смерть юной, нежной супруги, Марии. Она скончалась внезапно: Иоанн находился тогда в Коломне: мать его и Митрополит погребли ее в Кремлевской церкви Вознесения (где со времен Василия Димитриевича начали хоронить Княгинь). Сию неожидаемую кончину приписывали действию яда, единственно потому, что тело умершей вдруг отекло необыкновенным образом. Подозревали жену Дворянина Алексея Полуевктова, Наталью, которая, служа Марии, однажды посылала ее пояс к какой-то ворожее. Доказательства столь неверные не убедили Великого Князя в истине предполагаемого злодейства; однако ж Алексей Полуевктов шесть лет не смел показываться ему на глаза.

К горестным случаям сего времени Летописцы причисляют и то, что Первосвятитель Феодосий, добродетельный, ревностный, оставил Митрополию. Причина достопамятна. Набожность, питаемая мыслию о скором преставлении света, способствовала неумеренному размножению храмов и Священнослужителей: всякий богатый человек хотел иметь свою церковь. Празднолюбцы шли в Диаконы и в Попы, соблазняя народ не только грубым невежеством, но и развратною жизнию. Митрополит думал пресечь зло: еженедельно собирал их, учил, вдовых постригал в Монахи, распутных лишал сана и наказывал без милосердия. Следствием было, что многие церкви опустели без Священников. Сделался ропот на Феодосия, и сей Пастырь строгий, но не весьма твердый в душе, с горести отказался от правления. Великий Князь призвал в Москву своих братьев, всех Епископов, духовных сановников, которые единодушно избрали суздальского святителя, Филиппа, в Митрополиты; а Феодосий заключился в Чудове монастыре и, взяв в келию к себе одного прокаженного, ходил за ним до конца жизни, сам омывая его струпы. Россияне жалели о Пастыре столь благочестивом и страшились, чтобы Небо не казнило их за оскорбление святого мужа.