Россия заключила тогда мирный договор и с Ливониею. В 1506 году вторично был у нас Посол Иператорский Гартингер с дружественным письмом от Максимилиана, который снова просил Великого Князя освободить Ливонских пленников. Василий сказал, что вольность их зависит от мира. Наконец, Магистр, Архиепископ Рижский, Епископ Дерптский и все Рыцарство прислали чиновников в Москву. Следуя правилу отца, Государь не хотел сам договариваться с ними: они поехали в Новгород, где Наместники Даниил Щеня, Григорий Федорович Давыдов и Князь Иван Михайлович Оболенский дали им мирную грамоту от 25 марта 1509 года впредь на 14 лет. Освободили пленных; возобновили старые взаимные условия о торговле и безопасности путешественников в обеих землях. Важнее всего было то, что немцы отреклись от союза с Королем Польским. Государь не забыл и наших церквей в Ливонии: Магистр обязался блюсти их. В то же время Император, ходатайствуя за Ганзу, писал к Великому Князю, что она издревле к обоюдной пользе купечествовала в России и желает восстановить свою контору в Новегороде, ежели возвратят Любчанам товары, несправедливо отнятые Иоанном, единственно по наущению злых людей. Василий ответствовал Максимилиану: «Пусть Любчане и союзные с ними 72 города шлют должное челобитье к моим Новогородским и Псковским Наместникам: из дружбы к тебе велю торговать с Немцами, как было прежде; но имение отняли у них за вину: его нельзя возвратить, о чем писал к тебе и мой родитель».

Утвердив спокойствие России. Василий решил судьбу древнего, знаменитого Пскова. Какое-то особенное снисхождение Иоанново позволило сей Республике пережить Новогородскую, еще иметь вид народного Правления и хвалиться тению свободы: могла ли уцелеть она в системе общего самодержавия? Пример Новагорода ужасал Псковитян; но, лаская себя свойственною людям надеждою, они так рассуждали: «Иоанн пощадил нас: может пощадить и Василий.