Подобными же методами подготавливались очные ставки даже в присутствии членов правительства. Арестованных готовили специально, вначале следователь, после начальник отдела, а в случае присутствия членов правительства сам руководитель НКВД. Подготовка заключалась в зачитке показаний, которые давал арестованный на лицо, с которым предстояла ставка, объяснялось, как она будет производиться, какие неожиданные вопросы могут быть поставлены арестованному и как он должен отвечать. По существу, происходили сговор и репетиция предстоящей очной ставки.

Во время массовых операций по решению правительства имелись случаи, особенно на местах, убийств арестованных на допросах, и в последующем дела на них оформлялись через ОСО как на приговоренных к расстрелу, а для того, чтобы скрыть эти случаи, шли на прямые подлоги и фальсификацию.

Активные чистки шли в аппарате самого НКВД, ибо каждый клан старых большевиков неизбежно замыкался на этот террористический орган, имея там своих людей. "Я почистил 14 000 чекистов, - впоследствии признавался на следствии Ежов, - но огромная моя вина заключается в том, что я мало их почистил... Я давал задание тому или иному начальнику отдела произвести допрос арестованного и в то же время сам думал: "Ты сегодня допрашиваешь его, а завтра я арестую тебя". Кругом меня были враги народа, мои враги. Везде я чистил чекистов. Не чистил их только лишь в Москве, Ленинграде и на Северном Кавказе. Я считал их честными, а на деле же получилось, что я под своим крылышком укрывал диверсантов, вредителей, шпионов и других мастей врагов народа".*1

Однако и сам Ежов был тесно связан с кланами еврейских большевиков, проявляя по отношению к ним некоторую непоследовательность. В декабре 1938 года его освободили от обязанности наркома внутренних дел (и через год расстреляли), а его место занял Л.П. Берия, который первым делом ликвидировал остатки старых чекистских кадров, и прежде всего таких видных еврейских большевиков, как Фриновский, Заковский, Берман и др. Вместо них Берия привел целую когорту преданных ему людей, отличавшихся не меньшей жестокостью и коварством, чем их предшественники (Меркулов, Кобулов, Гоглидзе, Цанава).