Прямым развитием Е-2 стал перехватчик Е-50 (его нередко даже в документах именовали МиГ-23 с ЖРД), разрабатывавшийся в соответствии с постановлением Совмина и ЦК КПСС от 19 марта 1954 года и последующим приказом МАПа от 26 марта. Перед конструкторами обеих машин стояла довольно сложная задача создания самолета, способного к перехвату воздушных целей на высотах свыше 25 км. Одним из главных требований концепции военных самолетов тех лет было достижение наибольших высот полета, поскольку при отсутствии зенитных ракет лишь высота гарантировала их защиту от средств ПВО противника.

Истребители-перехватчики могли достигать таких высот только с помощью ЖРД. Идея использования на самолете комбинированной силовой установки с ЖРД разрабатывалась в СССР на протяжении более 10 лет, но ни одна из машин так и не дошла до серийного производства. Сказывалась недостаточная надежность ракетных двигателей и агрессивность их топлива, особенно окислителя. Любопытно, что попытки использования в авиации ракетных технологий так и не увенчались успехом, в то время как при создании ракетной техники авиационные «ноу-хау» использовались очень широко.

Е-50 создавался под силовую установку, состоявшую из ТРД AM-11 и ЖРД С-155 с двухступенчатой регулировкой тяги.