Все это привело к тому восстанию, которое известно как Иудейская война (именно так называет его Иосиф Флавий). В нем тесно переплелись национально-освободительная борьба против римского гнета и социальные противоречия, существовавшие в самом иудейском обществе. Это можно проследить по «Иудейской войне», которая характеризует основные религиозно-философские и политические группировки в Иудее. Оценки автора субъективны, и поэтому следует искать объективные критерии подхода к этим движениям.
В «Иудейской войне» (II, 8, 2-14) Иосиф Флавий дает краткую характеристику трем иудейским «философским школам», сложившимся после ликвидации селевкидского владычества в Иудее. Это ессеи, фарисеи, саддукеи. Иосиф называет их также сектами. Такое определение в большей мере следует отнести к ессеям. Фарисеи и саддукеи скорее составляли религиозно-политические группировки, не только проповедовавшие свои воззрения, но и активно участвовавшие в борьбе за власть. Если в «Иудейской войне» Иосиф Флавий не высказывает откровенно своих симпатий к какой-либо из них, то в «Иудейских древностях» (XVIII, 1, 2) и в «Жизни» (2) он заявляет о том, что фарисеи являются выразителями интересов народа, пользуются его поддержкой, а сам он примыкает к этой секте.
В «Иудейской войне» и «Иудейских древностях» автор акцентирует внимание на отличительных чертах религиозных взглядов фарисеев, выделяя их учение о том, что все в мире совершается по воле бога и предопределению судьбы, но человеку предоставлена свобода выбора между добром и злом, хотя и сам этот выбор в значительной мере зависит от божьей воли.