По настоянию наших влиятельных лиц Пилат приговорил его к распятию на кресте. Но те, кто раньше любили его, не прекращали этого и теперь. На третий день он вновь явился им живой, как об этом и о многих других его чудесных делах предсказывали боговдохновенные пророки. И до нынешнего дня существует еще секта христиан, которые от него получили свое имя». Этот рассказ Иосифа Флавия, где он по сути дела вопреки своим религиозным воззрениям признает Иисуса мессией (Христом), верит в его воскресение, вызывал немалые сомнения в его подлинности у многих исследователей, тем более что видный раннехристианский автор Ориген в своем сочинении «Против Цельса» прямо заявлял, что Иосиф Флавий не признавал Иисуса Христом. В дошедшем до нас греческом тексте «Иудейских древностей» явно чувствуется христианская редакция.

Однако в начале нашего века была обнаружена иная версия этого повествования, которую процитировал по-арабски христианский епископ X века Агапий в своей «Всемирной истории»: «В это время был мудрый человек, которого звали Иисус. Весь его образ жизни был безупречным, и он был известен своей добродетелью, и многие люди среди евреев и других народов стали его учениками. Пилат осудил его на распятие и на смерть. Но те, кто стали его учениками, не отказались от его учения. Они рассказывали, что он им явился через три дня после распятия и что он был тогда живым; таким образом, он был, может быть, мессия, о чудесных деяниях которого возвестили пророки». Эта версия более соответствует фарисейским взглядам Иосифа Флавия. Здесь он не утверждает, что Иисус был мессией (ссылка следует лишь на слова его учеников), что он воскрес из мертвых и сотворил множество других чудес. Для Иосифа Иисус был одним из многих пророков и самозванных мессий, которые довольно часто появлялись в те времена в Палестине.

Следует заметить, что в нашей литературе, посвященной истории первоначального христианства, долгое время господствовали выводы так называемой мифологической школы с ее отрицанием историчности Иисуса и с гиперкритическим отношением к новозаветным источникам, которые датировались II веком н.