При работе над «Иудейскими древностями» автор использовал большое количество источников, многие из которых до нас не дошли. Он приводит множество текстов государственных указов, цитирует договоры между государствами. Опирается Иосиф и на труды своих предшественников – историков Страбона, Полибия, Тита Ливия, Азиния Поллиона, Николая Дамасского и других. Для первых же книг «Иудейских древностей» главным источником, конечно, была Библия.

Трудно переоценить значение трудов Иосифа Флавия для научной библеистики. Как в «Иудейской войне», так и в «Иудейских древностях» он предпринял попытку представить в наивыгодном свете историю и культуру древнееврейского народа. Понимая всю ответственность поставленной перед собой задачи, Иосиф выработал своеобразный подход к материалу библейских книг. В основном следуя тексту Септуагинты, он опускает или подает иначе все то, что представляет его народ в невыгодном ракурсе. Так он игнорирует в своем пересказе Ветхого Завета эпизод с продажей Исава Иакову своего первородства, сведения о кровосмесительстве Иуды и Фамари, Лота и его дочерей, об убийстве Моисеем египтянина и о других нелицеприятных событиях.

Своеобразно его отношение к чудесам, о которых рассказывает Библия. В большинстве случаев он стремится при первой возможности дать им рациональное объяснение. В остальных же местах ограничивается простым пересказом библейского текста. К некоторым ветхозаветным чудесам Иосиф относится явно скептически. Это видно из приведенных им аналогий. К примеру, проход израильтян по дну Красного (Чермного) моря он сравнивает с описанием перехода Александра Македонского через Памфилийское море; при этом он оговаривается: пусть каждый думает о таких сведениях как ему угодно.

Иосиф старается показать, что уже древнейшие представители его народа обладали культурой и образованностью весьма высокого уровня.