В то же время светская критика его произведений была не всегда объективной и аргументированной. Последнее во многих случаях относится к подозрениям о слабом знании Иосифом как родного языка, так и древнегреческого. Однако, как показали последующие исследования, замеченные у него огрехи в равной мере присутствуют и в трудах других авторитетов древности, в основном как описки переписчиков.
Несомненно, Иосиф Флавий владел древнееврейским, арамейским, греческим, латинским, а возможно, даже набатейским и арабским языками. В своей книге «Против Аппиона» он говорит: «Свое сочинение о древностях я составил... на основании наших священных книг, так как сам принадлежу к священническому роду и основательно изучил философию, заключающуюся в тех книгах».
В «Иудейских древностях» содержится много ценного, порой уникального, исторического материала. Это относится, например, к истории эллинистических государств, Парфии, Армении, Набатейского царства. Римской державы, к истории покорения Римом государств Передней Азии. Не случайно в средневековье и в новое время эта книга Иосифа Флавия считалась одним из важнейших источников по древнеримской истории, наряду с сочинениями Тита Ливия, Тацита, Светония, а один из наиболее эрудированных христианских авторов IV-V веков Иероним назвал Иосифа Флавия «Титом Ливием греков».
Однако для христиан, пожалуй, наиболее важным в труде Иосифа Флавия было первое нехристианское свидетельство об Иисусе Христе, помещенное в 18-й книге «Иудейских древностей». Вот оно: «Около этого времени жил Иисус, человек мудрый, если Его вообще можно назвать человеком. Он совершил изумительные деяния и стал наставником тех людей, которые охотно воспринимали истину. Он привлек к себе многих иудеев и эллинов. То был Христос. По настоянию наших влиятельных лиц Пилат приговорил Его к кресту. Но те, кто раньше любили Его, не прекращали этого и теперь. На третий день Он вновь явился им живой, как возвестили о Нем и о многих других Его чудесах боговдохновенные пророки. Поныне еще существуют так называемые христиане, именующие себя таким образом по Его имени».