Бунт был подавлен, мятежный капитан взят под стражу. После долгого перехода через Атлантический океан каравеллы медленно спускались вдоль берегов Южной Америки в тщетных поисках пролива — в поисках пути на запад.
Никто не знал, существует ли пролив вообще. Его тщетно искали в районе Панамского перешейка. Потом "нашли" у тридцать пятого градуса южной широты — это оказалась Ла-Плата. Магеллан предполагал (ничем не обосновывая свою точку зрения), что пролив лежит где-то у сорокового градуса. Однако, не обнаружив его здесь, повел каравеллы дальше на юг.
Вера порой стоит дороже, чем знания.
Зиму экспедиция встретила у негостеприимных берегов Патагонии, в бухте Сан-Хулиан. Магеллан распорядился сократить рационы питания, и это вновь вызвало бунт. Мятежники захватили три корабля, но капитан-генерал действовал весьма решительно, отчасти даже коварно. Два руководителя мятежа были убиты, а затем — в назидание живым — четвертованы. Два других — и это было еще ужаснее — оставлены в Патагонии.
Пролив был найден только под пятьдесят вторым градусом. Каравелла "Сантьяго" к тому времени погибла, "Сан-Антонио" дезертировала.
Кормчий Иштебан Гомиж, предательски захватив "Сан-Антонио", вернулся в Испанию и сумел оболгать "проклятого португальца". Незадолго до отправления экспедиции Магеллан женился на Беатриж Барбоза, дочери коменданта севильской крепости. Теперь на жену и на тестя обрушилась вся тяжесть навета Иштебана Гомижа. Сын Магеллана Родригу умер в сентябре 1521 года — ему не исполнилось и трех лет; Беатриж скончалась в марте 1522 года. А Иштебана Гомижа — вполне в духе того времени — возвели позднее в рыцарское звание — "за выдающиеся заслуги, оказанные им флотилии Магеллана".