В июне 1924 года была создана комиссия Оргбюро ЦК ВКП(б) по военным вопросам под председательством Бубнова. В рамках комиссии образовали специальную подкомиссию, наделенную исключительными полномочиями по части проверки деловых, профессиональных качеств и политических взглядов всего начальствующего состава. Члены комиссии определяли пригодность каждого командира и комиссара на роль командира-единоначальника на основании двух критериев: принадлежности к большевистской партии и умения проводить воспитательную работу среди подчиненных. Понятно, что сторонники Троцкого никак не могли быть «умелыми проводниками политики партии».

В декабре 1924 года пленум РВС утвердил представленную Бубновым инструкцию по практическому осуществлению единоначалия и поручил проведение ее в жизнь Политуправлению РККА. Инструкция рекомендовала рассматривать введение единоначалия не как ликвидацию политсостава, а как способ совмещения функций партийного руководства, политического воспитания и военного обучения в одном лице. Проще говоря, каждый командир должен был стать, в первую очередь, комиссаром. Второй вариант — комиссара и сделать командиром.

Поэтому пленум принял резолюцию, в которой отмечалось, что единоначалие необходимо вводить в двух формах. Полное единоначалие предполагалось, когда командир являлся членом партии и был облечен ее доверием. При таком командире назначался заместитель по политической части. Неполное единоначалие вводилось, когда командир был беспартийным или признан «недостаточно подготовленным» в политическом отношении. В этом случае при нем сохранялся чистокровный комиссар. 6 мая 1925 года ЦК принял постановление «О единоначалии в Красной Армии», в котором одобрялась проделанная в этом направлении работа и давались директивные указания о постепенном переходе к единоначалию, не снижая роли политсостава.