Обнародование этого соглашения о капитуляции успокоило умы, положило конец мятежу и восстановило порядок. Наполеон написал епископу Мальты, чтобы успокоить священников, которые были сильно встревожены:

"Я с подлинным удовлетворением узнал, господин епископ, о вашем хорошем поведении и приеме, оказанном вами французским войскам при вступлении их в Знатный Город. Вы можете заверить ваш клир, что римско-католическая апостольская вера не только будет уважаться, но и что священникам этой религии будет оказываться особое покровительство... Я не знаю человека более почтенного и заслуживающего уважения, чем священник, который, проникшись подлинным духом Евангелия, уверен в том, что долг его требует послушания светской власти и поддержания мира, спокойствия и единения среди своей паствы... Я желаю, господин епископ, чтобы вы тотчас же явились в город Ла-Валетта и своим влиянием поддержали порядок и спокойствие среди народа. Я сам отправлюсь туда сегодня вечером. Сразу же по прибытии моем в город вы представите мне всех священников и руководителей монашеских орденов... Будьте уверены, господин епископ, в моем желании дать вам доказательства уважения и почтения, которые я питаю к вашей особе".

IX. 12-го, в 8 часов утра, порты и форты Мальты были переданы французским войскам. Было объявлено, что назавтра прибудет главнокомандующий. Но в час пополудни он высадился инкогнито, обошел крепостные стены, побывал во всех фортах и явился с визитом к великому магистру, чем сильно его озадачил. 13-го на рассвете эскадра вошла в порт. Это было великолепное зрелище. Триста судов встали на якорь без всякого беспорядка. В этом прекрасном порту могло разместиться втрое большее число судов. Склады Мальты были заполнены. На рейде стоял 64-пушечный линейный корабль ордена и еще один находился на стапелях. Чтобы увеличить количество легких судов флота, адмирал забрал две полугалеры и две шебеки.