Французская линия осталась неподвижной. Она ожидала вторичной атаки. Наконец она завидела мачты флотилии. Был час пополудни. Четверть часа спустя на Ниле началась ужасающая канонада. Контр-адмирал, шедший впереди, приказал принять боевой порядок и миновал деревню Шубрахит. Он ударил в середину линии судов противника; врагу, располагавшему превосходством в силах, удалось взять на абордаж одну из полугалер, и сам он оказался в опасности; но с помощью искусных маневров он спас флотилию. Как только Наполеон заметил опасность, угрожающую его военно-морским силам, он приказал линии пехоты двинуться вперед. Левая дивизия атаковала деревню Шубрахит. Турецкие батареи были сняты. Две тысячи янычар, которым грозила опасность быть отрезанными и окруженными французской армией, бежали после некоторого сопротивления. Мамлюки, испуганные и ничего не понимавшие во всем происходящем, держались вне пределов досягаемости артиллерийского огня и отступали по мере продвижения линии вперед. Огонь стрелков, разместившихся в домах деревни Шубрахит и вдоль дамбы, а также 8- и 12-фунтовых пушек и гаубиц, расставленных на берегу Нила, быстро изменил судьбы речного сражения. Турецкие моряки, как наиболее искусные, поняли опасность своего положения, повернули на другой галс и воспользовались ветром, чтобы удалиться, идя против течения. Остальные сделали это позднее, но у них уже не хватило времени; им пришлось поджечь свои суда. В это время года северный ветер обыкновенно прекращается в 4-5 часов пополудни. С другой стороны, еще до Шабура Нил делает изгиб. Следовательно, было возможно овладеть остатками флотилии. Пять дивизий армии, построившись в колонны, двинулись по пяти направлениям на дистанции развертывания, прямо через поле. Увидев, что его воины испуганы и обескуражены, Мурад-бей исчез из виду, поспешно направившись к Каиру.

В 6 часов пополудни армия встала лагерем у Шабура. Поняв, что они отрезаны, турецкие экипажи укрылись в дельте и подожгли свои суда; несколько из этих судов удалось спасти.