Но, в конце концов, ничего не достигнув, они удалились за пределы досягаемости огня. Мурад-бей с 3000 всадников отошел на Гизу, по дороге в Верхний Египет. Остальные, очутившись позади каре, искали опоры в укрепленном лагере в тот момент,. когда его атаковала дивизия Бона. Генерал Рампон с двумя батальонами захватил ров и дамбу, прервав сообщение между Эмбабой и Гизой. Находившаяся в лагере кавалерия, атаки: которой были отбиты дивизией Бона, пыталась вернуться в Гизу. Но, остановленная Рампоном и поддерживавшей его дивизией Дюгуа, она заколебалась, стала метаться из стороны в сторону и, наконец, следуя естественному импульсу, пошла по линии наименьшего сопротивления и бросилась в Нил, где несколько тысяч человек утонуло. Ни один не смог достигнуть другого берега. Укрепленный лагерь не оказал никакого сопротивления. Пехота, видя разгром кавалерии, вышла из боя и стала переправляться через Нил на небольших баркасах или вплавь. Большая часть ее спустилась по левому берегу Нила и скрылась в открытой местности под покровом темноты. Пушки, верблюды, обоз попали в руки французов.

Мурад-бей произвел несколько атак в надежде восстановить связь со своим лагерем и облегчить отход находившимся в нем войскам. Все эти атаки не удались. К ночи он отступил и приказал поджечь флот. Нил тотчас же запылал. На этих судах находились сокровища Египта, которые погибли, к большому сожалению армии. Из 12 000 мамлюков только 3000 во главе с Мурад-беем отступили в Верхний Египет; 1200, которые оставались с Ибрагим-беем для обороны Каира, впоследствии отошли в Сирию; 7000 нашли свой конец в сражении, столь гибельном для этого храброго ополчения, которое никогда уже не поднялось вновь. Трупы мамлюков несколько дней спустя доставили весть о победе французской армии в Дамиетту, Розетту и деревни Нижнего Египта. В начале сражения Наполеон сказал своим войскам, указывая им на пирамиды: "Солдаты, сорок веков смотрят на вас".