Эскадра двигалась в отличнейшем порядке, тремя колоннами; две состояли из четырех кораблей, а центральная - из пяти. Капитан 1 ранга Декрэ был послан в дозор с легкой эскадрой, состоявшей из фрегатов и быстроходных корветов. Конвой, охраняемый двумя венецианскими 64-пушечными кораблями, четырьмя фрегатами и большим количеством мелких судов, со своей стороны высылал дозоры во все стороны. Он имел приказ в случае нападения на флот вражеской эскадры укрыться в дружественном порту.

По всем линейным кораблям были распределены отборные войска. Три раза в день они проводили артиллерийские учения. Наполеон командовал как сухопутными, так и военно-морскими силами. Ничего не делалось иначе, как по его приказу. Он направлял движение флота. Он часто жаловался на то, что линейные корабли держатся слишком далеко друг от друга, но никогда не вмешивался ни в какие детали, требовавшие знаний и опыта в морском деле. 3 июня, на высоте мыса Карбонара, адмирал Брюэйс представил ему на утверждение приказ, предусматривающий посылку четырех линейных кораблей и трех фрегатов навстречу конвою, вышедшему из Чивита-Веккии. Наполеон написал на полях: "Если через 24 часа после выделения этих кораблей будут замечены десять английских, у меня окажется только девять кораблей вместо тринадцати". Адмирал ничего не смог возразить.

9 июня на рассвете были замечены Гоцо и конвой из Чивита-Виккии. Таким образом, вся армия оказалась в сборе.

IV. Из семи языков, составляющих орден святого Иоанна Иерусалимского, три были французскими. Не имея возможности признать существование в своих владениях ордена, основанного на преимуществах, даваемых происхождением, республика его упразднила, присоединила его владения к владениям других духовных орденов, а рыцарей зачислила на пенсию. В качестве ответной меры великий магистр Роан отказался принять французского поверенного в делах. Французские торговые суда допускались в его порты, только спрятав трехцветный флаг.