VI. Нельсон прибыл в порт Неаполь, где его приняли, как триумфатора. Король и особенно королева открыто выказали свою ненависть к французской нации. Следствием этого явилась война. В ноябре 1798 г. неаполитанский король вступил в Рим во главе 60-тысячной армии; но он был разбит, отброшен, изгнан из Неаполя и вынужден искать убежища на Сицилии. Россия и Австрия присоединились к Англии и в марте 1799 г. возобновили войну второй коалиции. Как только Порта узнала о вторжении в Египет, она выразила неудовольствие, однако умеренное. Джеззар-паше, посылавшему гонца за гонцом с просьбами о помощи и полномочиях, был в ответ дан приказ: обороняться в Сирии, если он будет там атакован, но не начинать никаких военных действий и сохранять хладнокровие; султан ожидает объяснений из Парижа и не забыл, что французы старейшие союзники империи. Англия, Австрия, Россия и Неаполь предприняли совместные демарши, чтобы втянуть Порту в войну с республикой. Император Селим постоянно отвечал отказом. Он заявил, что ожидает объяснений; но на самом деле совсем не хотел ввязываться в войну с Францией - врагом его природных врагов России и Австрии. Он прекрасно понимал, что коль скоро его армии окажутся скованными в пустынях Аравии, Константинополь станет жертвой ненависти и честолюбия русских.

Один придворный, пользовавшийся особенным доверием Селима, прибыл в Каир через Дерну с караваном паломников. Он посетил главнокомандующего. Он сообщил ему истинные намерения Порты. Он требовал - и это тут же было ему обещано подтверждения права собственности города Мекки на все его владения, назначения османа эмир-агой и формирования отряда из мусульманских войск для охраны меккского каравана; наконец - объяснений главнокомандующего относительно его планов (при этом он заверил его в том, что Порта исполнена решимости ничего не делать поспешно и не дать увлечь себя никаким страстям). Этот придворный провел в главной квартире более сорока дней.