От «завоеваний революции» самарский Комуч, однако, отказываться не собирался. В знак этого над зданием «комучевского» правительства в освобожденной белыми от красных Самаре развевался… красный флаг. В «Народной армии», формирование которой было начато Самарским правительством, наистрожайше запрещалось ношение погон и кокард, как атрибутов «реакционного офицерского корпуса» времен «проклятого царского режима». С одобрения Комуча в Самару перенес свою работу и Центральный Комитет партии эсеров.

Главнокомандующим всеми войсками Народной армии и частями Оренбургского и Уральского казачьих войск стал командир 1-й Чехословацкой дивизии полковник С. Чечек.

Представляя власть, по существу однопартийную, Комуч (несмотря на свое название) стремился реализовать исключительно эсеровскую политическую программу и, по этой причине, менее всего мог бы претендовать на роль «общероссийской власти». Однако он почти полностью одобрил законодательство Временного правительства, свергнутого в октябре 1917 года большевиками.

Наиболее яркой отличительной особенностью внутренней политики Комуча являлась опора на местное самоуправление, на органы «представительной демократии». Многочисленные земельные комитеты, волостное земство, продовольственные управы, фабрично-заводские комитеты (фабзавкомы), городские управы, домовые комитеты (домкомы) и квартальные советы должны были привлечь все «сознательные» и «здоровые силы общества» к сотрудничеству с новой «народной властью».

Однако в условиях жестокой гражданской войны и все нараставшей хозяйственной разрухи эффективность местной власти, опиравшейся исключительно на перечисленные выше органы самоуправления, оказалась весьма незначительной и малоэффективной. Поэтому уже в начале июля Комуч предпринял попытку усиления исполнительной вертикали. Однако результаты оказались далеки от ожидаемых, что было, в частности, подтверждено ходом мобилизации в Народную армию летом-осенью 1918 года.