В апреле 1940 г. назначен командиром 49-го стрелкового корпуса, с июня 1940 г. — командующий ЛенВО, присвоено звание генерал-лейтенанта. В январе 1941 г. М. П. Кирпонос назначен командующим КОВО, в феврале ему присвоено звание генерал-полковника.

Военный совет округа нес полную ответственность за политическую и моральную подготовку личного состава своих соединений, состояние воинской дисциплины, учебную и боевую подготовку, боевую и мобилизационную готовность частей и учреждений, находившихся на территории округа.

Основным органом руководства войсками являлся штаб округа, который организационно состоял из следующих отделов:

— оперативного;

— разведывательного;

— организационно-мобилизационного;

— военных сообщений;

— устройства тыла и снабжения;

— укомплектования и службы войск;

— укрепленных районов;

— топографического;

— финансовой и хозяйственной части;

— комендатуры.

На отделы штаба округа возлагалось решение вопросов военно-административного управления, формирование, укомплектование и снабжение, боевая и политическая подготовка, разработка планов мобилизационных и оперативного использования войск.

Кроме штаба в окружной аппарат входили управления начальников родов войск и специальных служб:

— военно-воздушных сил;

— артиллерии;

— автобронетанковых войск;

— инженерных войск;

— противовоздушной обороны;

— интендантской.