Описание оружия ниндзя традиционно составляет один из самых больших разделов в книгах о ниндзюцу. Различные виды боевых цепей, серпов, кастетов, духовых трубок и прочих «дьявольских» штучек, равно как и способы применения таковых действительно впечатляют и мало кого оставляют равнодушным. Однако если подойти к этому вопросу с конкретно-исторических позиций, то выясняется, что из всего этого богатого арсенала специфическим оружием ниндзя можно назвать всего с десяток предметов, относящихся к разряду «потайного оружия»: различных скрытых лезвий и пистолетов, замаскированных под мечи, курительные трубки, чернильницы и т. д. Все остальное в не меньшей степени было достоянием обычных самураев, не занимавшихся разведкой и шпионажем, а также полицейских и разбойников.

Другая проблема возникает при описании конкретных приемов боя с использованием различных видов оружия. Дело в том, что в текстах по нин-дзюцу практически нет сведений о технике рукопашного боя. Например, в «Бансэнсюкай» описаны особые «шпионские» способы использования меча (так называемые «семь способов использования сагэо» — «сагэо сити-дзюцу»), но ничего не говорится о фехтовании. Ведь подлинное, а не «киношное» ниндзюцу— это искусство шпионажа, разведки, диверсий, оно не включает в себя никаких приемов рукопашного боя.

То, что нин-дзюцу не содержит приемов боя с оружием и без оружия, конечно же не означает, что «воины ночи» таковых не изучали. Просто, нужно различать нин-дзюцу и другие «дзюцу», изучавшиеся ниндзя. Например, знаменитый «невидимка» XX века Фудзита Сэйко помимо нин-дзюцу школы Кога-рю изучал еще кэмпо (бой без оружия) школы Намбан Сатто-рю, сюрикэн-дзюцу (метание лезвий) школы Сингэцу-рю, дзё-дзюцу (бой короткой палкой) школы Дайэн-рю, торидэ-дзюцу (разновидность дзю-дзюцу) школы Итидэн-рю и др.