Однако существовала одна организация, им не подчинявшаяся. Это Священное Братство городов (Santa Hermandad), своего рода полицейские силы, формировавшиеся для поддержания общественного порядка. Их заботой было предотвращение обычных преступлений, но, поскольку злоупотребления знати доходили до того, что их собственные действия или действия их вассалов часто противоречили обычному уголовному праву, восстановление и расширение Братства по инициативе Изабеллы встретило со стороны знати сильное сопротивление. Но королева сумела настоять на своем, и в 1485 году был введен новый кодекс законов. В каждом городе, где жило не менее тридцати семей, был образован суд из двух алькальдов и введена конная, хорошо вооруженная полиция для выполнения приговоров. В результате бандиты и военные, чинившие беспорядки по всей стране, были быстро подавлены. Братство оказалось мощным инструментом в твердых руках королевской власти.

Один за другим сильнейшие кланы, чьи давние распри до этого момента питали анархию, были изгнаны в свои поместья, а аннексированные ими земли и замки возвращены короне. Вся законодательная система была тщательно пересмотрена, власть тайного совета, состоявшего исключительно из представителей знати и духовенства, значительно урезана, позиции суда алькальдов усилены, в Вальядолиде был образован постоянный верховный апелляционный суд. Достоинство и законопослушание стали теперь путем к продвижению по службе. Более того, было восстановлено право короны представлять уроженцев своей страны на вакантные должности в церковных епархиях королевства, и Изабелла смогла помочь ученым и благочестивым мужам занять высокие места в церковной иерархии. И тем не менее именно эта выдающаяся женщина открыла свои владения одному из величайших зол в истории человечества.

Человеком, введшим инквизицию в Испании, стал духовник королевы, Томас де Торквемада, монах-доминиканец. В ту пору евреи в Испании были очень многочисленны; великие путешественники, врачи, писатели, ученые – они внесли наибольший вклад в науку и культуру того времени.