Но несмотря на открытие Бингема, Мачу-Пикчу оставался недоступным еще почти 30 лет, пока археологическая экспедиция, работавшая здесь, не обнаружила Дорогу Инков через долину к цитадели.

Во времена инков в крепость Мачу-Пикчу допускались только избранные. Здесь жили высшая знать, жрецы, ремесленники и слуги. Но главное — мамакунас — избранные девственницы, посвятившие свою жизнь служению богу Солнца.

Судьба жителей крепости по сей день остается неизвестной. Раскопки принесли новые загадки и без того загадочного города. Здесь обнаружили 173 человеческих скелета, причем 150 из них — женские. Но в захоронениях не было обнаружено никаких золотых предметов. В гробнице верховного жреца, как назвал ее Бингем, хранились останки женщины, болевшей сифилисом, маленькой собачки, несколько керамических предметов, два вертела и шерстяная одежда.

Пять гектаров обработанных земель размещались вокруг Мачу-Пикчу на традиционных для инков узких террасах на крутых горных склонах. И террасы и тысячи ступенек, соединявшие их, сохранились здесь на века. Весь Мачу-Пикчу поделен на секторы: кладбище, темницы, жилой район и храмы. Храм Трех Окон, через окна которого солнечные лучи попадали на священную площадь, вероятно, играл важнейшую роль в ритуалах. Три окна отражают представления инков о троичности мира. По легенде, три основателя империи инков вошли в мир через них.

Немного выше храма находится обсерватория и Интиватана — камень любопытной формы, который, видимо, был солнечными часами. Иногда его еще называют «контрольная точка солнца».

Некоторые здания в Мачу-Пикчу были двухэтажными, с заостренными соломенными крышами. Камни были подогнаны друг к другу с удивительной точностью.