Датский натуралист Ян Сваммердам (1637 — 1680) провел много времени, наблюдая насекомых под микроскопом и делая прекрасные рисунки крохотных деталей их анатомии. Он также открыл, что кровь не представляет собой однородной красной жидкости, но содержит множество крохотных частиц, которые и придают ей ее цвет. (Мы теперь называем эти частицы красными кровяными тельцами.) Английский ботаник Неемия Грю (1641-1712) изучал под микроскопом растения и, в особенности, органы воспроизводства растений. Он описал индивидуальные крупинки пыльцы, которые эти растения производят. Датский анатом Ренье де Грааф (1641 — 1673) выполнил аналогичную работу, но предметом его исследований стали животные. Он изучил тонкую структуру семенников и яичников. Особое внимание он уделял определенным малым, но важным структурам, которые теперь называются фолликулами Граафа. Более интересным, чем любое из этих открытий, было открытие итальянского физиолога Марчелло Мальпиги (1628-1694). Он также изучал растения и насекомых, но среди ранних его работ было изучение легких лягушки. В них он обнаружил комплексную сеть кровеносных сосудов, слишком малых, чтобы быть видимыми невооруженным глазом, которые где-то соединялись. Когда он проследил эти маленькие сосуды до места их соединения в сосуды большие, оказалось, что в одном направлении они являются венами, а в другом — артериями. Артерии и вены, следовательно, действительно соединяются в сосуды, слишком малые для того, чтобы быть видимыми человеческим глазом, как предположил Гарвей. Эти микроскопические сосуды были названы «капиллярами» (от латинского «волосоподобный», хотя фактически они много тоньше волоса). Это открытие, впервые сделанное в 1660 г., три года спустя после смерти Гарвея, завершило теорию циркуляции крови.
Человеком, реально практиковавшим микроскопические исследования, был не Мальпиги, который ввел микроскоп в практику, а голландский торговец Антони ван Левенгук (1632 — 1723), для которого микроскопия была просто хобби, но хобби, поглощавшее все его время.