К тому времени за его плечами уже было 16 лет военной службы. Непростой для любого офицера старой армии выбор он сделал в пользу новой власти. Вряд ли, становясь в хаосе декабря 1917 г. выборным командиром Кавказской гренадерской дивизии, Б. М. Шапошников предполагал, что ему суждено будет послужить своей стране в роли начальника Генерального штаба, принимая важнейшие стратегические решения в самой страшной войне в истории человечества.

Продвижение Шапошникова в испытывавшей недостаток квалифицированных военных кадров Красной Армии шло довольно быстро. С февраля 1921 г. он вступил в должность первого помощника начальника Штаба РККА М. В. Фрунзе. В мае 1928 года Шапошников сам становится начальником Штаба РККА. К концу 20–х годов реорганизация РККА стала постепенно приближать армию к общемировым стандартам управления. Именно Б. М. Шапошников первым обосновал и показал необходимость иметь в вооруженных силах единый рабочий орган военного руководства — Генеральный штаб Рабоче–Крестьянской Красной Армии. В середине 30–х поворот от революции к историческим корням Российской империи был произведен окончательно. В сентябре 1935 г. Красная Армия была увенчана офицерской иерархией, которая начиналась лейтенантом и заканчивалась маршалом. Была воссоздана каста людей, чья профессия «Родину защищать». Одновременно постановлением СНК СССР от 22 сентября 1935 г. Штаб РККА переименовывается в Генеральный штаб. В мае 1937 г. Б. М. Шапошников был назначен начальником Генерального штаба и оставался им до августа 1940 г. В июле 1941 г. он вновь занял этот пост вместо смещенного из–за конфликта с И. В. Сталиным Г. К. Жукова. Борис Михайлович, несомненно, был более подходящей фигурой на роль начальника Генерального штаба, чем обладавший прежде всего опытом непосредственного управления войсками Г. К. Жуков. Кульминацией работы Шапошникова на этом поприще стало планирование и проведение общего наступления Красной Армии зимой 1941/42 г.