Существуют подтверждённые многими свидетелями факты спасения им Цесаревича Алексея от смерти. В 1907 году, когда наследнику было всего три года, у него случилось тяжелейшее кровоизлияние в ногу в Царскосельском парке. Вызвали Распутина, он молился — оно прекратилось! О другом чудесном случае пишет посол Франции Морис Палеолог. Это произошло в октябре 1912 года в царских охотничьих угодьях Польши: «Однажды наследник, возвращаясь с прогулки в лодке по озеру, сделал неловкий скачек, чтобы спрыгнуть на землю, и ударился бедром о борт. Ушиб показался сначала поверхностным и безвредным. Но две недели спустя, 19 октября, на сгибе, в паху, появилась опухоль; распухло бедро; затем внезапно поднялась температура. Доктора Фёдоров, Боткин и Раухфус, спешно приглашённые, определили кровяную опухоль, гематому, которая распространялась. Следовало бы немедленно сделать операцию, если бы гемофилитический диатез не делал опасным всякий разрез. Между тем, температура с каждым часом повышалась; 21 октября она достигла 39,8. Родители не выходили из комнаты больного, так как врачи не скрывали своего крайнего беспокойства».

Состояние цесаревича стало настолько безнадёжным, что доктора стали настаивать на публикации бюллетеней о здоровье наследника, что означало подготовку общественного мнения к его неизбежной кончине. Казалось, надежды нет: Распутин в это время был в родном селе Покровском. Тогда Вырубова, по просьбе императрицы отправила ему телеграмму. Вскоре пришёл ответ: «Бог воззрел на твои слёзы. Не печалься. Твой Сын будет жить».

«На следующий день, 24-го, температура больного спустилась до 38,9 — пишет в своей книге французский посол — Через два дня опухоль в паху рассосалась. Наследник был спасён». Царский врач Боткин назвал это чудом.

В 1915 году Николай II, отправившись в действующую армию, взял наследника с собой. В пути у царевича началось кровотечение носом.