Война за то, чтобы вытеснить языческие племена только из Пруссии, продолжалась пятьдесят лет. Войну начал отряд крестоносцев, во главе которого стоял ландмейстер Герман фон Балк. В 1230 г. отряд обосновался в мазурском замке Невшау и его окрестностях. В 1231 г. рыцари перешли на правый берег Вислы и сломили сопротивление прусского племени пемеденов, построили замки Торн (Торунь) (1231 г.) и Кульм (Хелмень, Холм, Хелмно) (1232 г.) и до 1234 г. укрепились на Хелминской земле. Оттуда орден стал нападать на соседние прусские земли. Крестоносцы летом старались разорить захватываемую область, разбить пруссов в открытом поле, занять и разгромить их замки, а в стратегически важных местах построить свои. Когда приближалась зима, рыцари возвращались домой, а в построенных замках оставляли свои гарнизоны. Прусские племена защищались поодиночке, иногда объединялись (во время восстаний 1242–1249 и 1260–1274 гг.), но освободиться из-под власти Ордена им так и не удалось. В 1233–1237 гг. крестоносцы завоевали земли памеденов, в 1237 г. – пагуденов. В 1238 г. заняли опорный пункт пруссов Хонеду и на её месте построили замок Балгу (Бальга). Около неё в 1240 г. была разбита объединённая армия вармских, нотангских и бартских пруссов. В 1241 г. пруссы этих земель признали власть Тевтонского ордена.

Новый поход рыцарей был вызван восстанием пруссов 1242–1249 гг. Восстание произошло из-за нарушений Орденом договора, по которому представители пруссов имели право принимать участие в управлении делами земель. Восставшие заключили союз с восточнопоморским князем Свентопелком. Союзники освободили часть Бартии, Нотангии, Пагудии, опустошили Кульмскую землю, но не смогли взять замки Торн, Кульм, Реден. Несколько раз потерпев поражение, Свентопелк заключал с Орденом перемирия. Но снова поднявшие восстание пруссы 15 июня 1243 г. разбили крестоносцев у Осы (притока Вислы). Погибло около 400 воинов, в том числе и маршал. На соборе 1245 г. в Лионе представители восставших потребовали у католической церкви, чтобы она перестала поддерживать Орден. Однако церковь их не послушала, и уже в 1247 г. огромное войско из рыцарей разных Орденов прибыло в Пруссию. По требованию папы Свентопелк заключил 24 ноября 1248 г. мир с Орденом.