Более современная биоэволюционная теория считает гомосексуальность побочным, но вполне закономерным продуктом эволюции. По этой теории, природа объективно заинтересована в разнообразии. Некоторые мужские качества, такие как сила и агрессивность, способствующие успеху в борьбе с другими самцами, в других отношениях невыгодны. Слишком агрессивные самцы отпугивают самок, которые предпочитают более спокойных и заботливых партнеров, давая им определенные репродуктивные преимущества. Кроме того, некоторые виды деятельности требуют сочетания мужских и женских качеств (например, балетный танцовщик должен сочетать мужскую силу с женским изяществом). Эволюция закрепляет соответствующие гены и особенности строения головного мозга. Но при этом возможен «перебор»: один аллель некоего гена, повышающего эмоциональную чувствительность мужчины, увеличивает его успех и репродуктивные шансы у женщин, а два точно таких же таких аллеля приводят к противоположному результату, делая мужчину женоподобным и смещая направление его сексуальных интересов. Нечто подобное существует и у женщин: напористость и энергия, которые традиционно считаются мужскими качествами, облегчают женщине завоевание сексуального партнера. Но если этих качеств у женщины слишком много, она начинает походить скорее на мужчину, что проявляется и в ее эротике. Иными словами, эта теория рассматривает гомосексуальность как побочный продукт процесса половой дифференциации. Однако некоторые ее положения чисто умозрительны и не вызывают у многих ученых доверия.